Merenkulun säätiön asioita hoitaa ja sitä edustaa kolmeksi kalenterivuodeksi kerrallaan valittu hallitus, johon kuuluu seitsemän jäsentä henkilökohtaisine varamiehineen seuraavasti:
1) Työ- ja elinkeinoministeriön määräämä henkilö, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö;
2) Liikenne- ja viestintäministeriön määräämä henkilö, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö;
3) Liikenne- ja viestintävirasto Traficomin määräämä henkilö merenkulun toimialalta, varajäsenenä Väyläviraston määräämä merenkulun asiantuntija;
4) Aalto-yliopiston määräämä laiva- ja meritekniikan ja/tai merikuljetusalan professori, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö;
5) Suomen Varustamot ry:n hallituksen määräämä henkilö, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö;
6) Meriteollisuus ry:n hallituksen määräämä laivanrakennusalan edustaja, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö; sekä
7) Keskuskauppakamarin määräämä merenkulullis-kaupallisen alan edustaja, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö.
Hallituksen jäseniksi ja näiden henkilökohtaisiksi varajäseniksi ovat edellä mainitut tahot nimenneet seuraavat henkilöt toimikaudeksi 2022-2024:
| JÄSEN | VARAJÄSEN | |
| 1 | neuvotteleva virkamies Natalia Härkin, työ- ja elinkeinoministeriö | johtava asiantuntija Anita Silanterä, työ- ja elinkeinoministeriö |
| 2 | ylitarkastaja Katja Peltola, liikenne- ja viestintäministeriö | erityisasiantuntija Inka Näkkäläjärvi, liikenne- ja viestintäministeriö |
| 3 | johtava asiantuntija Juha-Matti Korsi, Traficom | johtava asiantuntija Jarkko Toivola, Väylävirasto |
| 4 | professori Heikki Remes, Aalto-yliopisto | TkT Tommi Mikkola, Aalto-yliopisto |
| 5 | hallituksen puheenjohtaja Mikki Koskinen (tj. ESL Shipping), Suomen Varustamot ry |
toimitusjohtaja Tiina Tuurnala, Suomen Varustamot |
| 6 | hallituksen puheenjohtaja Jyrki Heinimaa (Rauma Marine Constructions), Meriteollisuus ry |
vt. toimitusjohtaja Teppo Virta, Meriteollisuus |
| 7 | johtaja Johanna Sipola, Keskuskauppakamari |
Hallituksen puheenjohtajaksi on valittu vuodelle 2023 Jyrki Heinimaa ja varapuheenjohtajaksi Natalia Härkin.
Säätiön asiamiehenä ja hallituksen sihteerinä toimii FT Eija Kanto.