Merenkulun säätiön asioita hoitaa ja sitä edustaa kolmeksi kalenterivuodeksi kerrallaan valittu hallitus, johon kuuluu seitsemän jäsentä henkilökohtaisine varamiehineen seuraavasti:
1) työ- ja elinkeinoministeriön määräämä henkilö, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö;
2) liikenne- ja viestintäministeriön määräämä henkilö, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö;
3) liikenteen turvallisuusviraston meriturvallisuusjohtaja, varajäsenenä liikenneviraston määräämä merenkulun asiantuntija;
4) Aalto yliopiston teknillisen korkeakoulun johtavan dekaanin määräämä laiva- ja meritekniikan ja/tai merikuljetusalan professori, varajäsenenä samalla tavalla määrätty professori;
5) Suomen Varustamot ry:n hallituksen määräämä henkilö, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö;
6) Meriteollisuus ry:n hallituksen määräämä laivanrakennusalan edustaja, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö; sekä
7) Keskuskauppakamarin määräämä merenkulullis-kaupallisen alan edustaja, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö.
Hallituksen jäseniksi ja näiden henkilökohtaisiksi varajäseniksi ovat edellä mainitut tahot nimenneet seuraavat henkilöt toimikaudeksi 2019-2021:
| JÄSEN | VARAJÄSEN | |
| 1 | neuvotteleva virkamies Natalia Härkin, työ- ja elinkeinoministeriö | johtava asiantuntija Anita Silanterä, työ- ja elinkeinoministeriö |
| 2 | ylitarkastaja Katja Peltola, liikenne- ja viestintäministeriö | erityisasiantuntija Inka Näkkäläjärvi, liikenne- ja viestintäministeriö |
| 3 | osastopäällikkö Juha-Matti Korsi, Traficom | johtava asiantuntija Jarkko Toivola, Väylä |
| 4 | professori Pentti Kujala, Aalto-yliopisto | professori Heikki Remes, Aalto-yliopisto |
| 5 | Tapani Voionmaa, Suomen Varustamot | toimitusjohtaja Tiina Tuurnala, Suomen Varustamot |
| 6 | Patrik Rautaheimo (tj. Elomatic), Meriteollisuus | toimitusjohtaja Elina Andersson, Meriteollisuus |
| 7 | johtava asiantuntija Päivi Wood, Keskuskauppakamari | – |
Hallituksen puheenjohtajaksi on valittu vuodelle 2021 Tapani Voionmaa ja varapuheenjohtajaksi Patrik Rautaheimo.
Säätiön asiamiehenä ja hallituksen sihteerinä toimii Eija Kanto.