Merenkulun säätiön asioita hoitaa ja sitä edustaa kolmeksi kalenterivuodeksi kerrallaan valittu hallitus, johon kuuluu seitsemän jäsentä henkilökohtaisine varamiehineen seuraavasti:
1) Työ- ja elinkeinoministeriön määräämä henkilö, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö;
2) Liikenne- ja viestintäministeriön määräämä henkilö, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö;
3) Liikenne- ja viestintävirasto Traficomin määräämä henkilö merenkulun toimialalta, varajäsenenä Väyläviraston määräämä merenkulun asiantuntija;
4) Aalto-yliopiston määräämä laiva- ja meritekniikan ja/tai merikuljetusalan professori, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö;
5) Suomen Varustamot ry:n hallituksen määräämä henkilö, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö;
6) Meriteollisuus ry:n hallituksen määräämä laivanrakennusalan edustaja, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö; sekä
7) Keskuskauppakamarin määräämä merenkulullis-kaupallisen alan edustaja, varajäsenenä samalla tavalla määrätty henkilö.
Hallituksen jäseniksi ja näiden henkilökohtaisiksi varajäseniksi ovat edellä mainitut tahot nimenneet seuraavat henkilöt toimikaudeksi 2025-2027:
| JÄSEN | VARAJÄSEN | |
| 1 | Natalia Härkin, neuvotteleva virkamies työ- ja elinkeinoministeriö | Janne Peltola, teollisuusneuvos työ- ja elinkeinoministeriö |
| 2 | Tiina Ranne, hallitusneuvos liikenne- ja viestintäministeriö | Väinö Pitkänen, ylitarkastaja liikenne- ja viestintäministeriö |
| 3 | Juha-Matti Korsi, yksikönpäällikkö Traficom | Elisa Mikkolainen, osastonjohtaja Väylävirasto |
| 4 | Heikki Remes, professori Aalto-yliopisto | Jani Romanoff, professori Aalto-yliopisto |
| 5 | Björn Blomqvist (tj. Rederi AB Eckerö), hallituksen puheenjohtaja Suomen Varustamot ry |
Tiina Tuurnala, toimitusjohtaja Suomen Varustamot |
| 6 | Patrik Rautaheimo (hallituksen pj. Elomatic), Meriteollisuus ry | Elina Andersson, toimitusjohtaja Meriteollisuus ry |
| 7 | Hanna Kalenoja, johtava liikenneasiantuntija Keskuskauppakamari | Johanna Sipola, varatoimitusjohtaja Keskuskauppakamari |
Hallituksen puheenjohtajaksi on valittu vuodelle 2025 Patrik Rautaheimo ja varapuheenjohtajaksi Juha-Matti Korsi.
Säätiön asiamiehenä ja hallituksen sihteerinä toimii FT Eija Kanto.